两个月的萨摩耶呼吸道感染怎么办？
首先 ，你要带他去宠物医院检查一下是不是肺炎或者犬瘟热。如果是这两种病里任何一种的话，那问题都够棘手的了。 现在既然医生已经排除了犬瘟热的可能，那就应该是普通的呼吸道感染，应该问题不是太大。 你先给狗狗喂几天消炎药和助消化的药（消炎药可以选择阿莫西林或者头孢之类的，助消化可以拌在食物里喂点乳酶生或者益生菌），观察2天看看情况有没有好转。 另外，你说的鼻涕、咳嗽、食欲下降这些，都是呼吸道感染的临床症状，并不是什么精神不好啊！ 不过话说回来，如果有肺炎，这些症状肯定会有，但是如果你只喂了它两天消炎药就马上精神抖擞了，那也不正常…… 如果喂了2-3天消炎药后明显见好，那你就可以继续再喂1-2天，等完全好了就不用再喂了；如果喂完5天后还没有好彻底，那你就需要把消炎药换成浓度低的，比如阿莫西林颗粒剂，继续喂（注意观察便便，如果发现软糊状，就需要停药，改为助消化药继续饲喂）。
还有，小狗的抵抗力很弱，你在治疗期间要注意做好保暖工作，防止受凉造成抵抗力下降而使细菌/病毒乘虚而入导致病情反复。 小狗的胃肠功能比较脆弱，营养需求高但吸收能力差，在疾病恢复的过程中，如果没有食欲，你应该及时补液，防止出现营养不良的情况。 补充：关于你说的“他到底能自己好起来吗”的问题——
一般情况下，健康的成年犬自身所携带的病毒菌较少，不可能引起明显疾病表现，而你所说的“自己的抵抗力起来后就能杀死”也就是指这种情况。 而小犬本身的免疫系统尚未发育成熟，体内所携带的病毒病菌却并不比成年犬少，并且病毒的毒力较强。在这种情况下，自身的抵抗力要战胜病毒病菌的侵入是需要条件的，而且往往需要较长时间才能完成，否则也不会有那么多的疫苗要注射。
而对于幼犬来说，最安全的做法就是直接注射疫苗，通过疫苗里的活性成分来刺激机体产生抗体，实现免疫保护。